No resulta fácil averiguar desde fuera que, en su momento, fue una de las iglesias más importantes de Talavera de la Reina (Toledo). Y, sin embargo, personajes relevantes de la historia de España estuvieron muy vinculados a esta parroquia, como Gabriel Alonso de Herrera, que fue sacerdote de ésta al final de su vida; o Fernando de Rojas, que fue un feligrés muy devoto, llegando a recibir aquí la extremaunción. Poco queda ya de la antigua gloria de la iglesia mudéjar de San Miguel. En 1855, sin culto y arruinada, pasó a ser un almacén de madera.
Actualmente los restos del templo se encuentran parasitados por diversas construcciones que han troceado la planta y se desconoce si se conservan restos de las tres naves que conformaban el edificio. Al estar divididas entre varios propietarios, su estado de conservación es diverso y la interpretación del edificio es complicada.
Por todos estos motivos, la iglesia de San Miguel de Talavera de la Reina acaba de incorporarse a la Lista Roja de Hispania Nostra que recoge cerca de 1.200 monumentos españoles que se encuentran sometidos a riesgo de desaparición, destrucción o alteración esencial de sus valores.
La iglesia de San Miguel, una de las más antiguas de la ciudad de Talavera de la Reina, se construyó sobre la muralla del Segundo Recinto, reutilizando una de sus torres como campanario. Era, junto a la de San Clemente, las únicas iglesias de la ciudad con tres ábsides en su cabecera. Existen referencias sobre la iglesia en textos del siglo XIII y se mantuvo en activo hasta el siglo XVII.
Esta antaño poderosa parroquia talaverana llegó a tener bajo su dependencia un colegio de gramáticos y mucha influencia en conventos y hospitales cercanos, como el de Santo Domingo o San Juan de Dios. Tal era su importancia en la ciudad, que en su interior se conservaban numerosos enterramientos de nobles y caballeros.
La iglesia de San Miguel fue construida en estilo mudéjar, movimiento predominante en esta ciudad. Estaba compuesta por tres naves rematadas por tres ábsides semicirculares decorados con hileras de arquillos de medio punto al estilo de los que podemos ver en el ábside de Santiaguito.
Su interior, en palabras del conde de Cedillo, "es espacioso y sus naves están separadas entre sí por arcos apuntados que apoyan en pilares de fábrica. Las techumbres son artesonados de limas mohamares con parejas de tirantas y ménsulas labradas".
Esta estaba decorada en su interior con tallas y esculturas, azulejería e incluso con pinturas murales, como la de la Quinta Angustia que se encontraba en el ábside central. Además contaba con varios sepulcros y lápidas de personajes relevantes de la ciudad, como Rodrigo de Sesé, que fue alcalde de Talavera.
Su torre hecha en piedra de mampostería y sillería, aprovechando una de las torres del Segundo Recinto amurallado de la ciudad, estaba rematada por un campanario de ladrillo que contaba con varios arcos de herradura con decoración bicolor, típico en la arquitectura islámica.
El acceso sur se realizaba a través de un pórtico de columnas dóricas, que aún se conserva, similar al de la iglesia de Santiago el nuevo.
No goza de ningún grado de protección específica. En el año 2020 se llevó a cabo una reunión con una de las propiedades para negociar la adquisición parcial del inmueble. En la misma, se acordó realizar una evaluación arqueológica de los restos por parte de la propiedad. Con la llegada de la pandemia quedaron paralizadas las negociaciones.