El Instituto de Educación Secundaria Padre Juan de Mariana ha sido uno de los trece centros seleccionados de la región por parte de la Consejería de Educación, Cultura y Deportes para desarrollar un proyecto de innovación dirigido a sus alumnos denominado 'Aula de Excelencia en Bachillerato'. Esta iniciativa nace con el objetivo de atender a un tipo de alumnos que tienen otras motivaciones, intereses y ritmos de aprendizaje. Esta acción pretende que el alumnado tenga una nota media mayor o igual a 7 en el cuarto curso de Secundaria.
Entre las líneas básicas del proyecto está la ampliación de horario lectivo en cuatro periodos semanales en las materias de Lengua I, Inglés I y dos asignaturas de modalidad. Además se quiere ampliar la formación y potenciar las capacidades realizando 30 horas de experiencias con la vida adulta activa. También tendrán que realizar un trabajo de etapa individual que ponga en relación las diversas materias del programa, bien como monográfico o como trabajo multidisciplinar. El compromiso echa a andar el próximo mes de septiembre para el primer curso de Bachillerato y para el segundo curso del año siguiente. El acuerdo fue rubricado por el director del centro académico talaverano, Federico Batres, y el consejero Marcial Marín.
Este modelo se ha aplicado ya en cinco centros de Castilla-La Mancha, a modo experimental, consiguiendo en todos ellos medias superiores a los 7 puntos.